系：
- 生物学系
- 生物化学系
- 细胞生物学系
- 遗传与发育生物学系
- 免疫与微生物学系
国家重点实验室：
国家工程中心：
国家级教学示范中心：
教育部重点实验室：
教育部批准设立的研究机构：
国家地方联合工程实验室：
福建省批准设立的研究机构：
厦门市批准设立的研究机构：
- 厦门市医学分子病毒研究中心
- 厦门市海洋微生物新药工程技术研究中心
- 厦门市植物遗传重点实验室
校批机构：
系：
国家重点实验室：
国家工程技术研究中心：
教育部批准设立的研究机构：
国家药监局批准设立的研究机构：
中国医学科学院批准设立的研究机构：
福建省批准设立的研究机构：
厦门市批准设立的研究机构：
- 厦门市生物药物工程技术研究中心
- 厦门市分子影像工程技术研究中心
- 厦门市医学分子病毒研究中心
系：
教育部批准设立的研究机构：
福建省批准设立的研究机构：
- 福建省药物新靶点研究重点实验室
- 福建省靶点新药行业技术开发基地
- 福建省核受体药物工程研究中心
- 福建省药学人才培养创新实验区
- 福建省药学实验教学示范中心
- 福建省药学虚拟仿真实验教学中心
- 福建省高等学校“癌症表观遗传学”科技创新团队
厦门市批准设立的研究机构：
- 海洋活性物质功能
- 质量和安全性评价技术平台
- 厦门化学创新药研发平台
- 厦门市代谢性疾病重点实验室
- 厦门市手性药物重点实验室
- 厦门市瘤细胞与分子诊疗重点实验室
- 厦门生物医药协同创新中心
- 厦门市靶点新药工程技术研究中心
- 厦门市林下中药资源工程技术研究中心
- 厦门化学创新药研发重大平台（技术支撑单位）
部、系：
- 基础医学部
- 中医系
- 护理系
- 眼视光学系
- 口腔医学系
- 消化病学系
- 耳鼻咽喉头颈外科学系
- 神经科学系
- 血液病学系
- 皮肤病与性病学系
- 妇产科学系
- 儿科学系
国家级平台：
省部级平台：
- 福建省基础医学实验教学示范中心
- 中国医学科学院细胞应激研究创新单元
- 福建省抗癌研究中心
- 福建省眼再生医学工程研究中心
- 福建省眼表与角膜病重点实验室
- 福建省生殖调控与生殖健康研究高校重点实验室
- 福建省适配体技术重点实验室
- 福建省移植生物学重点实验室
- 福建省糖尿病转化医学重点实验室
- 福建省器官与组织再生重点实验室
- 福建省慢性肝病肝癌重点实验室
- 福建省眼科与视觉科学重点实验室
- 福建省神经退行性疾病和衰老研究重点实验室
- 福建省临床医学研究中心（神经系统疾病、心血管系统疾病）
市级平台：
- 厦门市肿瘤侵袭转移转化医学重点实验室
- 厦门市再生医学重点实验室
- 厦门市中医湿病神经免疫重点实验室
- 厦门市手性药物研究重点实验室
- 厦门市肿瘤分子诊断与靶向治疗重大科技平台
- 厦门市消化系统肿瘤转化医学重点实验室
- 厦门市临床检验重点实验室
- 厦门市肠道微生态与健康重点实验室
- 厦门市核医学分子影像临床转化重点实验室
- 厦门市胃肠肿瘤重点实验室
- 厦门市骨关节病研究重点实验室
- 厦门市血源性传染病基础研究与转化重点实验室
- 厦门市嗓音医学基础及应用重点实验室
- 厦门市心血管疾病重点实验室
- 厦门市心血管疾病精准医学重点实验室
- 厦门市风湿免疫重点实验室
- 厦门市肿瘤早期诊疗重点实验室
- 厦门市心脏电生理重点实验室
- 厦门市胸部疾病重点实验室
- 厦门市脑科中心重点实验室
- 厦门市泌尿系肿瘤和结石重点实验室
- 厦门市耳鼻咽喉头颈外科重点实验室
- 厦门市儿科重点实验室
- 厦门市放射肿瘤学重点实验室
- 厦门市血液肿瘤诊治重点实验室
- 厦门市基因检测重点实验室
- 厦门市妇科疾病研究与诊疗重点实验室
- 厦门市胆道疾病重点实验室
校批机构：
附属医院：
生物医学研究院
