社会科学学部
经济学院
系： 教育部批准设立的研究机构： 国家级示范中心： 国家级虚拟仿真实验教学中心：- 厦门大学经济学科虚拟仿真实验教学中心
- 福建经济研究中心 （省校共建）
- 厦门大学人口研究所
- 厦门大学国民经济与核算研究所
- 厦门大学财政科学研究所
- 厦门大学金融研究所
- 厦门大学社会主义经济制度研究中心
- 厦门大学特区研究所
- 厦门大学公共财政研究中心
- 厦门大学社会经济统计研究中心
- 厦门大学证券研究中心
- 厦门大学澳大利亚研究中心
- 厦门大学WTO研究中心
- 厦门大学评估研究中心
- 厦门大学兴业银行金融创新研究中心
- 厦门大学劳动经济研究中心
- 厦门大学康乃尔合作中心
- 厦门大学中国能源经济研究中心
- 厦门大学世界经济研究中心
- 厦门大学水科技与政策研究中心
王亚南经济研究院
教育部重点实验室： 国家级虚拟仿真实验教学中心： 福建省重点实验室：- 福建省统计科学重点实验室（厦门大学）
- 计量经济学研究中心
- 金融研究中心
- 中国劳动经济学与社会保障研究中心
- 中国宏观经济研究中心
- 政治经济学研究中心
- 现代统计学研究中心
- SAS计量经济学合作中心
- 实验经济金融实验室
管理学院
系（或相当于系的实体机构）：- 会计学系
- 企业管理系
- 管理科学系
- 旅游与酒店管理系
- 财务学系
- 市场学系
- 中国能源政策研究院
- 国家统计局统计科学研究所厦门大学研究基地
- 国家旅游局中国旅游研究院台湾旅游研究基地
- 厦门大学企业发展战略研究中心
- 厦门大学数据挖掘研究中心
- 中国营商环境研究中心
- 厦门大学现代管理科学研究所
- 厦门大学旅游管理与规划研究所
- 厦门大学企业案例研究中心
- 厦门大学中国企业成长研究中心
- 现代企业与医疗服务运营技术管理研究中心
- 厦门大学（正泰数据）资产综合管控研究所
- 厦门大学中国供应链管理研究中心
- 厦门大学管理会计研究中心
- 厦门大学金圆研究院
- 厦门大学中科创业学院
- 厦门大学证券研究中心
- 厦门大学金融工程研究中心
- 厦门大学元创决策智能研究中心
- 厦门大学中国公司金融研究中心
- 厦门大学（元洪）食品数字经济产业研究中心
- 神经管理学与人工智能实验室
- 厦门大学管理学科虚拟仿真实验教学中心
财务管理与会计研究院
法学院
与司法部共建的基地：- 司法部厦门大学现代公共法律服务理论研究与人才培训基地
- 厦门大学福建省地方立法研究与咨询服务基地
- 厦门大学财税金融法治研究中心
- 厦门大学国际经济法研究中心
- 厦门大学立法研究中心
- 厦门大学国家和社会治理法治化研究中心
- 厦门大学党内法规研究中心
- 厦门大学国际经济法研究所
- 厦门大学经济法研究中心
- 厦门大学国际税法与比较税制研究中心
- 厦门大学经济犯罪研究中心
- 厦门大学现代法律服务研究中心
- 厦门大学社会治理与软法研究中心
厦门大学知识产权研究院
厦门国际法高等研究院
公共事务学院
系（或相当于系的实体机构）：- 政治学系
- 公共管理系
- 公共管理教育中心（MPA中心）
- 国家农村社会保险研究中心（劳动与社会保障部委托）
- 妇女/性别研究与培训基地（全国妇联共建）
- 福建女性发展研究中心（省校共建）
- 厦门大学政治学与行政学研究所
- 厦门大学公共管理与政策分析研究中心
- 厦门大学社会发展研究中心
- 公共事务学院教学实验中心
- 厦门大学新西兰研究中心
公共政策研究院
系（或相当于系的实体机构）：- 人口与生态研究所
- 心理学研究所
- 公共政策与地方治理协同创新中心（“省级2011协同创新中心”）
- 厦门大学公共政策与政府治理研究中心（“福建省文科重点研究基地”）
- 厦门大学公共服务质量研究中心 （“福建省社会科学研究基地”）
- 厦门大学区域发展政策研究所
- 厦门大学社会管理创新研究中心
马克思主义学院
福建省批准设立的研究机构：国际关系学院/南洋研究院
系（或相当于系的实体机构）：- 国际关系系
- 侨务与外交系
- 厦门大学东盟研究中心
- 厦门大学马来西亚研究所
- 厦门大学印度尼西亚研究中心
- 厦门大学新加坡研究中心
- 厦门大学“一带一路”与东南亚研究院
- 厦门大学马来西亚研究所
教育研究院
教学部：- 教育学公共教学部
- 教师教育部
台湾研究院
教育部批准设立的研究机构：海峡两岸发展研究院
体育教学部
校批机构：- 厦门大学国术与健身研究中心
继续教育学院
机构：南海研究院
社会与人类学院
系（或相当于系的实体机构）：- 社会学系
- 人类学与民族学系
- 社会工作系
- 人口与生态研究所
- 人类学研究所
- 厦门大学社会发展研究中心
- 旅游人类学研究中心
- 厦门大学文化发展研究院